少林寺始建于公元495年，在1500余年的历史传承中，少林禅医文化作为中华民族优秀文化的最杰出代表之一，已成为具有真实性、独特性和唯一性的人类非物质文化遗产，具有极强的国际号召力。

佛教医学是佛教密不可分的一部分，在东方医学史上具有极高地位，是真正标本兼治的医学。佛祖释迦牟尼亦称大医王，其在世时花了将近四年的时间开示了包括药师法门在內的佛教医疗体系，帮助众生解除病苦，成为弘扬佛法的重要工具。汉传佛教医学与民间传统中医巧妙结合形成了别有特色的中国佛教医学，例如少林寺伤科、竹林寺女科等，其中最具有代表性和影响力的是少林伤科学派。少林医药学已有上千年的历史，历史上被尊为少林医宗。其产生于魏晋，成长于唐宋，学派形成于明，发展于清；它与少林功夫的发展息息相关；少林历代高僧大都禅、武、医兼通，效国利民，名闻于世。隋唐时的昙宗、惠炀，五代时的福居、智广，元代的石岩、宗发，明代的月空和尚、智正、智谆，自北魏至明清有字宽、湛举、湛化、南洲、本园、也然、毛公、太双、梅亭，清末以后有淳济、寂勤、贞后、贞绪、恒林、妙月、德禅……都是禅武医兼通的少林高僧。历代高僧大多武医相兼，其遣方用药多遵中医理论，是中华骨伤科不可或缺的一部分，值得后世研探、发扬。

金元时代著名历史学家元好问亲撰《少林药局记》，记述少林寺自金代（约公元1217年）已设有“少林药局”机构，距今已有近800年的历史。当时的药局主要服务少林寺内众僧跌打损伤及其他疾病治疗，后来逐步发展为服务当地及远道而来的百姓。由于所有病患的诊断治疗及抓药全部免费，因此患者前来治病抓药后，大都慷慨捐赠香火钱。少林药局僧医不但有多姿多彩的气功健身疗疾功法，例如久负盛名的《易筋经》,《少林内功》等,还藏有历代高僧珍藏秘传的丰富验方，或养生延寿，或济世活人等秘传，少林医学至民国时已有各种论医著述百万言，药方上千方，但由于佛门戒律极少外传。

元氏称少林药局的难能可贵之处，不止于其不传之秘方，更在于其医德传承：“时节州土无不适其当，炮炙生熟无不极其性，德与侠固亦尽其技矣。”悲天悯人的道德情怀、精益求精的技术追求，使少林禅武和禅医最终赢得了世人的崇敬，并成为少林寺代代相传、千年不衰的宝贵精神财富。近800年来，少林药局曾惠及无数百姓，但因受兵火之祸或其它原因，药局事务亦屡有断续。

自少林主持志隆禅师时代设立药局后，福裕大和尚在主持少林寺期间，倡导“主伤科兼修内科、儿科，医众僧兼俗疾，方为普渡众生”的僧医方针，少林药局获得了长足的发展。明代，少林寺则建立起比较健全的医疗机构和完备的医事制度，设立医座（僧医的最高官职）、药局司（专门管理草药的采植以及药剂的制作）等，同时还开设寺医学堂，培养专科僧医。近代，随着国运衰落，药局事务也一度暂停。

近年来在释永信方丈的领导下，少林寺组织僧医和中医药方面的专家进行了一系列的整理和挖掘,2000年4月，《少林武功医宗秘笈》珍藏本历时三年终于问世，其中包涵了少林寺第29代方丈行正大和尚临终前传给永信大师的少林医宗秘方。目前，该书已被国家历史博物馆、国家图书馆、瑞典国王作永久收藏。2004年，少林寺重新恢复了少林药局建制。从此，少林药局将以传承少林医药文化为使命，弘扬传统医术为己任，以服务社会大众为宗旨，为更多众生提供具有佛教慈济精神特色的医疗服务，从而为人类的健康事业做出应有的贡献。

少林禅医在继承发扬中华传统医学理论的基础上，突出以“禅定”为基础法门，以默照冥想、呼吸、导引、气血、经络、藏象等学说为基本理论，运用“观想”、“气化”、“导引”、“点摩”等基本手段进行诊断、治疗、调养，具有独特的养生功效。譬如少林传统的达摩易筋洗髓内功心法，动静结合，可以强身健体，疏通血脉、激活骨髓，改变微循环系统，增强机体免疫力；通过禅心体验，修清净心，排除无明烦恼的病因病源，明心见性，这是禅医疗法的最大特色。