但清末开始，少林寺辉煌的时期便告结束。由清末到文革时期少林寺不断受到压制及毁灭，少林的武术及文化，一度面临毁亡失传的命运。清朝康熙中后期，“反清复明”的民间力量壮大，而同时又有民间宗教组织利用少林功夫反清。所以清廷开始削弱及压制少林寺。依清代张恩明《重建慈云庵碑》记载“法堂草长，宗徒两散”，可想象当时少林寺败落的情况。雍正乾隆年间，因为民间宗教利用少林功夫反清活动日渐增加，清廷甚至把少林武僧的活动视为“邪教”帮凶。清乾隆五年，河南巡抚雅尔图奏折记述“……如少林寺僧徒，向以教习拳棒为名，聚集无赖、凶狠不法之辈，效尤成风。邪教之人传意，诱骗此等入伙，以张羽翼。”虽然受到清廷的压制，一直把武术作为宗风的少林僧人没有停止习武，但为了避开清廷的查究，习武活动由公开变为秘密。少林寺的千佛殿，原为藏经和佛像的地方，本来不是习武地方，却变成了少林僧人秘密的夜间练功房。现在殿内地上被脚踩出了四十八个深深的脚坑，便是清代少林武僧演练内功“心意把”所留下的。除了千佛殿外，偏远的少林寺下院也成为武僧私密习武的地方。所以，由于清廷的迫压，自清末开始，不少少林僧人便纷纷逃离少林寺隐居深山私密习武。因为时局动荡，自清末开始，少林寺永化堂禅武医的发展也开始衰落。道光八年满清大员麟庆到少林寺参观，受到住持湛峰的接待。麟庆谈起少林功夫，很想请寺内武僧演练一下，住持虽然不愿意，却无法推辞。演练完毕，麟庆连声称赞少林武功名不虚传。他走后，湛峰大师怕朝廷追究，于是命参加演武的弟子隐居到深山。其中海发大师(永化堂禅武医第十三代传人)带着弟子湛谟(永化堂禅武医第十四代传人)隐居于少林寺下院石沟寺，继续练武。行医习武的同时，海发和湛谟收了一个只有五岁的小徒弟──吴古轮，法名寂勤(永化堂禅武医第十五代传人)。他们有感于寂勤天性纯厚，天资聪敏，便将生平所学尽授寂勤，还将绝学“心意把”功法全部传授给他。为了使他功夫继续提高，湛谟大师派寂勤回到少林寺跟随其师弟湛举练武，在少林寺内十八年苦练。湛举，寂勤练功之事后被人发现，引起官府注意，于是湛谟令寂勤打出山门还俗隐居，以便保存少林绝学。 民国期间，少林寺更遭受一场大难。1928年军阀混战，当时建国军樊锺秀在少林寺设司令部。军阀石友三，遂纵火焚烧少林寺，熊熊大火延烧数十日，寺内许多建筑和文物都被化为灰烬。当中包括天王殿、大雄宝殿、禅堂等，亦包括藏经阁及阁内所有的拳谱、经卷、医书等。少林寺的南园永化堂在这个时候也被夷为平地。少林寺遭焚毁后，少林僧人亦四散，少林寺进一步衰落。文化大革命期间，宗教场所遭到极严重的破坏，宗教活动被打压。僧人强迫还俗，一切宗教行为都不能进行。少林寺也和其它寺院一样，一切活动被迫停止。整个寺院破落凋零，残垣断壁，少林寺更加衰落。依释永信及阿德所著《少林功夫》一书所载“二十世纪八十年代初期，这时少林寺只剩下13个年老僧人，少林功夫更是命若悬丝……”尽管寺院衰落，但还俗隐居的吴古轮却不忘保存少林绝学，于是后来将少林医学、武学及绝学“心意把”悉数传予俗子吴山林。吴山林幼承庭训，潜心于禅、武、医，得续少林功法精髓，并谨记父命有机会将所学还给少林寺。后来，贞绪法师于民国九年回少林寺，继后又任少林寺监院。吴山林应贞绪的邀请，回少林寺教授少林武功。这段历史也记载于释永信所著的《少林功夫》（第142页）内：“他（贞绪）与原寺院还俗武僧俗子吴三（应是‘山’）林大师等一起组织训练武僧”。及后，吴山林大师教授贞绪、德禅、德根等数十人。但因当时少林寺内找不到适合传授“心意把”的人，吴山林在少林寺教了三年便离开了。 之后，少林寺下院住持淳全和尚把跟随他多年的弟子张庆贺推荐到山林公门下，希望他能继承少林绝学。自此，张庆贺跟随吴山林二十年。吴山林把少林寺永化堂禅武医的精髓全部传授给张庆贺。他并告诉张庆贺将来要把所学的少林绝学送回少林寺。于是，张庆贺到少林寺拜德禅老和尚为师，落发为僧，赐法名行性。自1970年后，在少林寺内生活，并为其师德禅老和尚治病，也希望藉此找到一个有为青年来继承少林绝学。但是，因为行性法师收徒的条件十分严格（他曾说过要学习禅武医必须有端正的品德，坚强的毅力及悟性高），所以一直没有收徒。直至他遇上少年的丁洪本，而且作了长时间的观察，之后感到他心性正直，及有罗汉的骨格，于是1988年收了他为义子，并传授少林禅武医绝学。1993年，行性法师为了避免不必要的斗争，于是离开少林寺隐居民间。丁洪本于1990年礼少林寺住持素喜大和尚为师，赐法名德建，1992年农历四月初八，在白马寺受持三坛大戒，成为少林寺僧人。素喜老和尚深知少林传统文化因时局动荡而面临失传，为了保存少林绝学，于1994年，命德建禅师到三皇寨隐居，潜心修练张庆贺传给他的禅武医学，希望他把绝学练到身上。为了专心修练，德建禅师一直隐居至今。2001年秋，张庆贺认为随他十三载的弟子德建已把少林禅武医学练到炉火纯青，于是决定把法脉传承给他，希望藉此将少林绝学回归少林寺。张庆贺于是特意请来当时少林寺老住持及名誉方丈素喜老和尚举行法脉传承仪式。张庆贺将1999年写好的法脉传承书交予素喜老和尚，代表他将少林绝学交回少林寺。素喜老和尚欣喜他的得意弟子德建为保存少林寺绝学所作的努力，而且学有所成，亲手把传承交给德建，确认他为吴古轮第四代传人。而从正道禅师始创永化堂至今，德建禅师为少林寺永化堂禅武医第十八代传人。当时的见证还有少林寺首座印松法师及登封市宗教局秘书习中科先生。 2004 年行性法师辞世，而2006年素喜老和尚圆寂。虽然两位师父先后离世，德建师父仍努力将少林禅武医传承下去，发扬光大。而在社会各界人士及政府有关部门支持下，河南省嵩山禅武医研究院于2005年4月成立。并于2007年在香港成立中国嵩山少林禅武医慈善基金会。近几年，德建禅师亦全力在三皇寨禅院打造禅武医研究基地，复修和建设了众多殿堂，提供疗养、练功和修行的场所。继三皇寨禅院无量圣殿落成及开光后，嵩山禅武医研究院、三皇寨禅院建设也正在赶紧进行中。德建禅师承继行性法师的宝贵医学，根据其所传授的医理，配制了一系列的中药，还整理了数十种临床验方，诊治了无数患疑难杂症的病者。在完成传承的同时，德建师父继续宣传少林禅武医的活动，先后拍摄了二十多套电视专题纪录片，又与多位文人学者编写《嵩山访禅记─禅宗祖庭少林寺禅武医探秘》、《嵩山论剑》、《少林禅武医—正论篇》、《和谐身心—德建禅师谈少林禅武医》等书籍。自明代无言正道创立少林寺永化堂禅武医，传至当今的德建禅师，已是十八代了。当中经历多番风雨，少林寺失而复得永化堂禅武医学。德建禅师继承历代祖师爷的遗志，希望不但将少林绝学在少林寺传承，还要将少林禅武医文化无私地奉献社会，让人们可以透过修禅以正品德，积善行，练武以强身健体，习医养生济世。