少林武功起源于古代嵩山少林寺，并因而得名。

北魏太和十九年，孝文帝为印度高僧跋陀在少室山北麓敕建少林寺。北魏孝明帝孝昌三年，印度高僧达摩来到嵩山少林寺传授佛教的禅宗，面壁9年，静坐修心，被尊为中国佛教禅宗的初祖。当年达摩终日静坐，不免筋骨疲倦，又加上在深山老林，要防野兽和严寒酷暑的侵袭，在传经时，他发现好些弟子禅坐时间久了，昏昏欲睡，精神不振。为了驱倦、防兽、健身、护寺，达摩等人仿效中国古代劳动人民锻炼身体的各种动作，编成健身活动的“活身法”传授僧人，此即为“少林拳”的雏形。

此外，达摩在空暇时间还练几手用铲、棍、剑、杖等防盗护身的动作，后人称之为达摩铲、达摩杖、达摩剑。以后，他又吸取鸟、兽、虫、鱼飞翔、腾跃之姿，发展“活身法”，创造了一套动静结合的罗汉十八手。后来经过历代僧徒们长期演练、综合、充实、提高，逐步形成一套拳术，达百余种，武术上总称“少林拳”。其中，起过重要作用的是元代少林派拳术大师白玉峰、觉远上人、李叟等人，他们精心研究少林拳法，注意拳法的整理和传授，将少林拳中的“罗汉十八手”发展为七十二手，以后又发展到一百七十三手，第一次系统地整理出一套少林拳法。

明朝民间习武风气盛行，少林功夫得以快速发展。明朝近300年间，少林寺僧人至少有6次受朝廷征调，建立功勋，多次受到朝廷的嘉奖。少林功夫在实战中经受了检验，确立了少林功夫在全国武术界的地位。

雍正十三年，朝廷对少林寺宗法门头体系进行了整顿。少林寺僧人虽然坚持秘密练武，但少林功夫水平及影响衰落。民国期间，少林寺进一步衰落，少林功夫也处于风雨飘摇之中。20世纪80年代后，寺院宗教生活恢复，少林功夫的价值重新被重视，少林寺年老僧人开始向年轻僧人传授少林功夫，少林功夫典籍征集、鉴定、整理、出版工作大规模展开，少林功夫得到复兴。

少林功夫是中国武术各个流派中，历史悠久，门类最多，体系很大的一个门派。据少林寺内流传下来的拳谱记载，少林功夫套路有708套，其中拳术和器械套路为552套，另外72绝技、擒拿、格斗、卸骨、点穴、气功等各类功法为156套。

少林功夫的传承严格按照师徒制度进行。这种师徒关系是少林寺传统的宗法门头制度的表现。少林寺的宗法门头制度，由13世纪曹洞宗领袖福裕禅师住持少林寺期间确立。目前，少林寺僧人传承仍基本遵守着13世纪确立的传承谱系，已经传承至“素、德、行、永、延、恒”，已历经30多代，近800年历史。

2006年5月，少林功夫被列入国家级非物质文化遗产保护名录。