雍正年间（1723-1735年），一度禁止汉人习武，少林寺武僧只有偷偷传习，在公开场合则讳莫如深。道光八年（1828年）三月，满洲镶黄旗人麟庆，代表巡抚杨国祯祭祀中岳庙，并来到少林寺。他在紧那罗殿看到少林寺供奉的“伽兰神。紧那罗神像，着单衫，持火棍，甚是雄伟。麟庆向主僧问“拳法”之事，主僧讳言不答。他便说：“少林拳勇，自昔有闻。只在谨守清规，保护名山，正不必打诳语。”主僧笑诺，乃选健僧校于殿前，熊颈乌伸，果然矫捷。少林寺的白衣殿内，保存有清末所绘的武术壁画，生动地再现了和尚们练武的场面，十分珍贵。画中武僧可分为十五组，或练拳，或持刀、枪、剑、戟、棍、鞭对打，基本上反映了清末少林武术的面貌。有趣的是，在北墙上所绘的观武人员中，有满人麟庆(1791-1846．时为河南按察使)及其随员的形象。这表明，此时习武已是官方许可的行为，不再讳莫如深了。在少林寺东北数十公里的巩县“三官庙”中，也有晚清所绘的武术壁画。东壁画“拳术”，西壁画“棍术”，均绘于方形界格内，共计二十二幅。弄拳者皆头结发髻，裸上体，下着宽裤，卷起裤腿，足穿圆口布鞋。使棍者的形象亦相同。从题榜中可知，拳术的套路有“太山黑白跌势”、“倒骑龙”、“探马势”、“豹单鞭”、“高四平”、“燕子飞天”、“雁翅侧飞势”、“低四平”等等；棍术有“回头势”、“滴水势”、“齐眉杀势’等等。晚清时，关于天地会和福建南少林的故事在沿海流传，或把南少林描述为英雄聚义之处，鼓动揭竿起义，反清复明；或把南少林视同罪恶渊薮，颂扬皇清鼎盛，圣主英明。清末白话小说《圣朝鼎盛万年青》就是把少林寺至善禅师及其弟子作为反面人物来描写的。此书自光绪十九年（1893年）起陆续出版，影响很大。清末时，捻军、白莲（崇拜“无生老母”，以汲县为中心）四处起事。少林寺不再是清净福地、世外桃源。“咸丰五年（1855年）六月，少林寺僧众出于自身安危的考虑，立下了《合寺僧俗公议规矩碑》，内称：“近经兵荒，匪人蜂起，混迹道门，借游滋事。有入田窃取禾稼者；有黑夜砍伐树木者；更有结队成群谋财抢掠者。合寺均受其累，寸衷实属难堪。因同公议，设立规矩，以杜匪患，以端风俗。共立条规，开列于后，犯者按规致罚。如不受罚，台寺人等送官究治。如此则还真返朴，本业各安……因勒石，永为垂戒云。”这里所说的“近经兵荒，匪人蜂起”，主要是指捻军的活动已波及此地。但从其所定的三条“规矩”来看，主要还是防止偷伐树木、偷取禾稼和偷摘果品等趁火打劫行为，看来此时尚未对寺院安全构成威胁。到了同治年间，社会动乱加剧，少林寺出现了名为“守备”的武僧。今可知有通祥（字福田）、行可（字怕吾）、明学（字习之）等。道光和咸丰年间，少林寺仍能维持宗教活动，也有一些修缮之举，但到了同治、光绪年间，连正常的寺院活动也不能维系了。道光五年（1825年），由二祖庵住持海存发动善男信女捐资，修葺了二祖庵山、东西陪殿以及围墙。原任僧会司海涵（字万培），现任僧会司寂琏（字悟超），僧湛绅及其徒子寂经、寂芳，徒孙淳岚等其助其事。道光七年（1827年）秋至八年（1828年）冬，由河南府太守存某率其僚属，捐银计三千七百余两，修葺了钟楼、鼓楼、方丈室（御座房）、御碑亭等处。道光九年（1829年），僧会司寂琏主持重修了甘露台。道光二十八年至三十年（1848-1850年），少林寺在监院寂元和尚主持下，由常住各执事及各门头共议，修建了寺前的“少阳桥”。此桥宽53米，长60米，用钱七百多贯。少阳桥是“一寺呼吸之处”，相传为“龙脉”所关。此处旧有之桥，早被山洪冲毁。所以全寺上下通力合作，用三年时间造成石桥一座，使“往来无阻，气脉得通”。监院和尚寂元．是无言正道的法脉。可追溯十五代传承，正道圆明通来一行安超吉一明阳一玄相一祖心一清白净志一真魁如真一海璋一湛寿一寂元淳祥。从中可以看到，无言正道所立五字辈——“圆通行超明”，“明”字辈与七十字派的“同”字辈相等，以下则汇入了七十字派。此外，从无言道公传至淳祥，共十五代，用了二百五十年的时间，从而可以算出每代约为十六至十七年的间隔。咸丰六年至八年（1856-1858年），西米堂前院僧人淳进、淳典募化四方，重修了初祖庵千佛阁、东西禅堂及周围山墙等处。这是清代少林寺最后一次维修工程。