雍正（17231736年在位）以“圆明居士”自诩，他不但参与佛教内部的争论，还写了八卷《御制炼魔辨异录》，编辑《御选语录》十九卷，颇似“秉拂开堂”之人。雍正十年(1732年)，贵州省平越人王士俊（字灼三）出任河东总督兼河南巡抚。十三年（1735年），他上书皇帝，建议全面修整少林寺，并绘制了规划图呈请御批。雍正十分重视此举，做了详细的批示，并着王士俊办理。御批日“至工竣后，应令何人住持，候朕谕旨，从京中派人前往。”然而，雍正的批文中有“房头僧人类多不守清规，妄行生事，为释门败种”云云，又令将门头二十五房拆毁，造于寺墙外左右两旁，颇耐人寻味。如果仅仅是寺僧破戒违律，何以会让皇帝咬牙切齿？雍正在这年八月驾崩，乾隆承袭大统。但修整少林寺的九千两白银还是拨下来了。具体负责工程的是一批大小官员，有河南府的刘守、谢伟，渑池县巡检王钟，巩县典史钱历，洛阳县丞俞孚升，永宁县典史魏炳，登封县典史金大纶，洛阳县典史严维寅，偃师县丞陆送华等等。这次大规模修造，重点是两项：一是增加了“山门”；二是拆除二十五处房头住房，集中在寺院山墙东西两侧，加盖寮房。另外，对天王殿、大雄宝殿、法堂等做了翻修。总之，乾隆初年的大修大建，奠定了今日少林寺的格局。令人痛惜的是，王士俊下令砍伐了少室山北坡的上千棵柏树。这千柏是明末无言道公率弟子干辛万苦种下的，一百三四十年来，已蓊蔚葱郁，为少林一大景观。岂料王士俊一声令下，斩伐一空，少室山阴顿成秃山野岭。嘉庆十六年（1811年），清政府在广西东兰州（今东兰县）姚大羔家查获天地会《会簿》一件。《会簿》记述了天地会创立的一段悲壮历史，这就是著名的“西鲁故事”。大意是说：少林寺僧曾帮助康熙皇帝打退“西鲁人”入侵，而未受朝廷的封赏。他们回少林寺后，却遭到奸臣陷害，寺院被焚，一百二十八位和尚大都惨死，只有十八人死里逃生。又历尽艰辛，剩下五人，走向海石连天的长沙湾口。这时，从海面上漂来自锭香炉一个。他们取来一看，香炉底上有“兴明绝清”四字，大受鼓舞，认为命不该绝，决定效法三国时刘、关、张“桃园结义”，乃歃血盟誓，结拜“天地会”，时为康熙甲寅年（1674年）七月二十五日。当此之时，又来了一位小伙子，自称姓朱名洪竹，系崇祯皇帝朱由检西官娘娘李神妃之孙。当年李自成攻打北京时，李神妃怀胎逃出京城，躲藏于伏华山，生下男儿朱洪英，后来朱洪英又生下一子，即朱洪竹。于是，少林寺五僧便共扶朱洪竹为主……就少林寺的史料而言，确确实实有几个疑点与“西鲁故事’相关连。其一，清初少林寺首任方丈彼岸海宽等人，自顺治九年至十一年的三年间（1652-1654年），大搞“天地冥阳水陆赈孤荐祖大法会”，惊动了巩县、偃师、登封三县民众。这里不但首揭“天地”一词，而且显然是为因满清入关而惨死者的亡灵祭悼，颇得民众支持。其二，清政府于顺治三年（1646年）三月曾“换给新札”，命彼岸海宽为少林寺住持。但海宽以患“足疾”为由，并未去礼部领取“新札”，一直拖到顺治十四年（1657年），十五年（1658年）春才赴任。他上堂时宣称：“一堂风冷淡千古”，心中仿佛有难言之隐。其三，彼岸海宽的弟子纯白永玉接任少林寺方丈后不久，在康熙三年(1664年)弃职北上，从此少林寺即无方丈。到底是什么原因使永玉弃职而走呢？其四，雍正皇帝在那件关于全面整修少林寺的奏折上御批说：“朕览图内，门头二十五房，距寺较远，零星散处，俱不在此寺之内。向来值省房头僧人，类多不守清规，妄行生事，为释门败种。今少林寺即行修建，成一丛林，即不应令此等房头散处寺外，难于稽查管束。应将所有房屋俱拆，造于寺墙之外左右两旁，作为寮房。”（1735年）雍正皇帝指责少林寺房头们“不守清规，妄行生事，为释门败种”，显然暗示了房头们有反清的言行。他下令将二十五房门头的住所悉数拆毁，以便于“稽查管束”，推测这次强行拆除行动，亦必遭到反抗，“寺院被焚”是否指门头的住所被焚？此外，“西鲁故事”中说，李神妃怀胎逃出，藏在“伏华山”。据河南省栾川县人民口传，崇帧皇帝死后，太监王承恩、太子朱慈娘等人逃出京师，隐藏于“伏牛山”之老君山下。他们化装为黄冠道士，在老君山下关公庙遗址上重修了“伏魔宫”。这又牵涉到伏牛山区的寺院与少林寺的关系问题。伏牛山区至迟在宋元时代即有佛寺之设，少林寺的古梅祖庭禅师，曾于1480年至1481年抵伏牛山，参古鑑禅伯二年；幻休常润禅师，十九岁时受具戒于伏牛山，礼坦然平公为师，炼魔三年；宝心可敬禅师(?-1488)，至伏牛山养道六年。明代万历年间人王士《广志绎》一文说“伏牛山在嵩县，深谷大壑之中数百里。中原战争兵燹所不及，故缁流衲子多居之。加以云水游僧，动辄千百为群。至其山者如八佛国，呗声梵响，别自一乾坤也……少林则方丈游僧至者，守此戒，是称禅林。本寺僧则啜酒啖肉，习武教艺，止识拳棍，不知棒喝！”由此推测，大约在嘉靖前后，伏牛山佛寺已归属少林寺的曹洞宗派。《明史兵志》称，少林、伏牛、五台皆有僧兵，亦可知王士性记述属实。天地会《会簿》中所讲的少林寺僧，也可能指的是少林寺分寺——伏牛山寺的僧人。他们与老君山黄道联系，那就更为方便了，因为他们同在伏牛山中。至于天地会的领袖人物在康熙十三年（1674年）汇聚于“海石连天”的福建沿海，那也是很自然的事。因为这里是反清势力最强的地方，既有“朱三太子”活跃于浙江东部沿海，又有台湾可为退路。而清军全部控制福建省则是三年后（1677年）的事。传说中的“朱洪英”假如指的是朱慈娘，这年他应是四十六岁；传说中的“朱洪竹”假如指的是朱慈娘之子，也应是二十至二十五岁的青年人了。天地会秘史至今真相不明，但天地会与少林寺的关系，似有蛛丝马迹可寻。