万历十年（1582年），皇太后曾特赐少林寺精工刻印佛经637函，贮于寺中，供人阅读。此外，少林寺保存有一幅《关帝诗竹图》石刻画，阴刻，大约也作于万历年间。这是一幅组字图，低低的山崖间有二竹挺拔冲天，竹叶中藏着一首诗：“不谢东君意，丹青独立名。奠嫌孤叶淡，终久不凋零。”画面左上角悬一印，印文是”汉寿亭侯之印”，篆书。此画既称关羽为帝，则知作于万历十八年（1590年）关羽加帝号之后。据说关羽死后变成了“山神”。隋代天台宗智顗禅师修玉泉寺时，关羽及儿子关平“显圣”，愿舍地为寺，永做擅越（施主）。大约在宋代，关羽又变成了寺院的护法神。此后，甚至明清的喇嘛教中，也出现了护法神关羽。这位三国时代的英雄，本与佛、道无涉。但民众崇拜忠义英雄，帝王捌昌而加号封爵；佛教摄入而为护法神，道教摄入而为“三界伏魔大帝神威远镇天尊”。从无言道公去世的万历三十七年（1609年）到寒灰慧喜人寺住持的天启四年（1624年）之间，少林寺有位瑞光上人做方丈。此僧仅见于徐霞客的《游嵩山日记》。《日记》载，徐霞客于天启三年癸亥（1623年）春北上，经开封、郑州、密县而达登封县。他游览了石淙河、告成镇观星台，中岳庙、法王寺、崇福宫、会善寺之后，于农历二月二十二日晚抵达少林寺，“宿瑞光上人房”。二十三日登少室山，访二祖庵、“小有天”亭、摘星台，从龙潭沟下山，宿少林寺。二十四日，游初祖庵、达摩洞等处，午斋于瑞光上人舍。下午过轩辕关，宿大屯（洛阳市南郊）。二十五日游伊阙（龙门石窟）。又从洛阳西上潼关，游华山。天启四年甲子（1624年），寒灰慧喜(1564-1639)受登封县令、金台刘君之请，任少林寺方丈。慧喜，字心悦，号寒灰，河北省满城县人，俗姓刘氏。自幼纯诚企道，后入少林谒无言道公为弟子。道公命为上座，日授密指，遂蒙印可。慧喜拟北迈参访，道公送偈语云：“密法无法付，当传何以传？无传无付处，明暗妙同参。”慧喜北上京师，匿于玉光寺，读经参禅。六十一岁时，受命做了少林寺住持。当时明朝已危机四伏。奸阉魏忠贤(1568-1627)祸国殃民，天下动荡，兵变迭起。后金努尔哈赤公然反明，劫掠边关。崇祯十年至十三年间(1637-1640年)，登封连遭旱灾、蝗灾，三年无收，百姓死亡大半。县民李际遇等人揭竿而起，占据少室山御寨，聚众达四、五万人。少林寺僧，多亦逃散，真是到了“灯昏法暗”的时代。慧喜去世（1639年）后，弟子彼岸海宽(1596-1666)接任住持。恰值劫变兵革，三灾并起，患难备尝。海宽，字涵宇，号彼岸，河北省内邱县王氏子。早岁礼本州（即顺德府）崇恩寺庵觉性禅师薙染，后入少林寺，礼心悦师翁（即寒灰喜公）为师。心悦思归退隐，遂将衣钵、祖位、传灯之道等项，一一亲传于海宽。海宽临危受命，心力自负。崇侦十三年(1640年)腊月，李自成(1606-1645)的义军自陕入豫，联合李际遇，攻克登封县城。少林僧众大部四散逃亡。清顺治元年(1644年)十二月，清兵攻下河南府。