明世宗嘉靖帝（年号嘉靖，在位四十五年）崇道排佛，以“法祖安民，奉天行道”相标榜。他于宫中建醮，以龙虎山道士邵元节、陶仲文为礼部尚书，还下令毁剖玄明宫佛像，拆毁京师一些寺院。今少林寺门前的牌坊，系嘉靖乙卯（1555年）由徽王府重修建立，牌坊上的楹联为“首阳道人”所书。这“首阳道人”就是徽王府浦城王朱载埨(?一1556)，以尊奉道教取媚于帝，被封为“清微翊教辅化忠孝真人”，后因罪自杀。嘉靖年间的少林寺住持，可查到下列五位：可贤（1531年前后住持）、静庵悟榻、宗琳玉堂、竺东悟万、小山宗书。悟榻(1504-1552)，字静庵，号缘筠，俗姓王氏。早年投喇嘛为师，后八少林寺，礼月舟文裁，得其骨髓。此后出游四方。嘉靖乙未（1535年）始为少林寺住持。不久被徽王府聘请主香火院（汝阳观音寺？）若干年，再主少林寺，讲道传法，直至迁化。玉堂(1481-1538)，河南临颍县王氏子，少年入汝阳五朶寺剃染为僧，礼定达和尚。二十六岁（1506年）时芒鞋竹杖访少林，拜于古梅长老门下，过了四年，因为古梅厌世（1510年），玉堂又造访月舟和尚，参究本宗，阅三载，豁然开悟，便至水边林下涵养圣胎。后至许昌，阅藏千日，乃回家乡临颍，闭关禁足三年之久。叉迁城南，闭关十年。嘉靖丁酉（1537年），少林寺耆旧悟源、悟林、悟省等奉命迎玉堂为少林寺住持。但仅一年，玉堂便去世了。悟万(?-1560)，生平不详。只知道他在玉堂去世后，即1538年以后做过少林寺住持。徽王朱载蝓曾在壬子年（1552年）捐黄金若干，命悟万修葺少林寺甘露台的“藏经殿”，绘饰“方丈室”，起盖“立雪亭”，1553年完成。悟万还兼任钧州广通禅寺住持。他在少林寺的弟子有周绍、周旋。悟万的灵塔上有“化被三藩”铭刻，说明他与徽王府及其它王府关系至深。嘉靖年间最有名的住持是小山宗书和尚。宗书（1500-1567），字大章，别号小山，顺德南和县（河北省南和县）人，父亲李进，母亲刘氏。小山生于弘治庚申岁（1500年），十岁（1509年）入学，诵习儒书，粗通大义。十五岁（1514年）时悟“儒书皆教人人世之法，而非出世法也”，因而笃志出家。父母欣然从之，送至顺德府（邢台市）开元寺法堂，礼钿和尚为师。役二二载，乃于1516年入太行山，三越寒暑，手抄《华严经》，不食五荤。二十岁（1519年）时，小山八少林寺，参扣虚白老师（月舟），人室请益。月舟早逝（1522年），又参可贤老师，勤恳八年（1522-1530年），洞上宗风，蒙赐印可。嘉靖庚寅(1530年)，小山回抵家山，省侍本师钿和尚三年。1533年入京师，受具戒并历诸讲肆，遍探教海，不久人北城兴德寺（元代龙泉寺旧址，阮太监于正统十二年重建），静居三载。再入天庆寺（在外城东部，明宣德年间重建），开阐佛乘。后应五台山之请，摧演禅宗。期毕回京，应太监李元善之请，入积善庵披阅大藏经，一住四年。甲辰岁（1544年），入宗镜庵修禅。壬子至乙卯（1552-1555年），少林寺三次请小山出山，住持少林寺，均被辞谢。丁巳岁（1557年），河南太守蓬岩吴公（可能就是向朝廷献白鹿的河南巡抚、都御使吴山）及少林耆宿秉诚又请小山出山。小山叹道：“先师月舟化后，三十余年。曹洞宗风，几近湮没！我不敢偷安，须急撑住这将倾大厦！”于是，至礼部领剳。当时太监张暹、贾廷贵、杨伟等人发心印造公案、方册，并施财物，欢送小山赴任。戊午岁（1558年），小山在少林寺大开怯席，四方学徒五百多人前来听法。据说时值天旱，河、井干涸，但开讲的那天，泉水复涨，众人欢欣。小山还于癸亥岁（1563年）应邀至钧州广通寺，开示净土法门。次年（1564年），又应邀赴郑州宝光寺安禅说法三个月。乙丑(1565年)春返回少林，升堂踞坐，日无虚席，嗣法之徒，不可胜记。己末（1559年）四月开始，小山主持重修初祖殿，将原殿增高至三十一二尺，增广二十二尺，位爽势尊，楹壮栋坚，左右两翼，各联七室，至1559年腊月八日毕功。《铁依住持少林寺嗣曹洞正宗第二十四世当代传法小山禅师行实碑》系郑藩掌国事王才撰文，“三教中人”、“狂仙”朱载埔(1536-1611)书丹并篆额。朱载培是朱元障九世孙，郑恭王朱厚烷的长子，字伯勤。他不愿继承王位，早年从舅父何塘学习天文、算术，因对其父无罪下狱不满，乃筑土屋于官门之外，独居十九年，钻研乐律、数学、书法，著有《乐律全书》四十七卷，《律吕精义》内外篇各十卷，首创十二平均律。其父死后，辞王位，隐居渔家坡（今沁阳县张坡村），死后亦葬于村东九峰山下。有趣的是，朱载堉在小山碑的背面刻出了《混元三教九流图赞》，铃印文为“酒仙狂客”、“三教九流中人”两印。这幅线刻画，全国仅此一例。在一个大圆圈内，有一位双手捧着《九流混元图》的人物，而这个人物，正面是一秃顶、额头间有“白毫相”，有须髯的佛祖，但他的左耳处，却是有道冠的老子侧视像；他的右耳处，则是有儒冠的孔子侧视像。三体合一，圆融在一起。图上部有朱载育书写的赞文，全文如下：佛教见性，道教保命，儒教明伦，纲常是正。农流务本，墨流备世，名流责实，法流辅制，纵横应对，小说谘询，阴阳顺天，医流原人，杂流兼通，述而不作。博者难精，精者未博。日月三光，金玉五谷，一心身皮肤，鼻口耳目。为善珠途，成归于治。曲士偏执，党同排异。毋患多歧，各有所施。要在圆融，一以贯之。三教一体，九流一源，百家一理，万法一门。嘉靖至万历年间，有一批少林寺弟子向南方传法，很令人注目。小山的一位弟子蕴空常忠(1514-1588)，将曹洞宗传到了江西省建昌寿昌寺。常忠的弟子无明慧经(1548-1618)后来名声大震，他的一位弟子永觉元贤(1578-1657)则把曹洞宗带到了福建省福州市鼓山涌泉寺。小山的另一位弟子幻依祖住(1522-1587)，于1540年至1545年的五年间，依侍大章和尚（即小山），蒙师印可。他先后在淮安、南京、京口、苏州传法。这期间，还有一位曾传法于云南宾川县的无穷周义。周义(1499-1578)，号无穷，人称无穷禅师。他是偃师县安家滩人，俗姓张，出家于少林寺初祖庵(1515年)。他立志坚确，遍习禅观，精勤无怠。十多年后，他隐居于南召县马鞍山的丹霞寺，跪诵《观音》、《圆觉》二经，晨夕诵念。又行头陀法，一衲自娱，略无所蓄。忽有一日，自彻自悟，乃云：“吃的实，用的实，万物皆是实。”二十七岁（1525年）以后，居无恒处，言行叵测。他曾远游至云南，在大理洱海东北的鸡足山，创立了“放光寺”。大旅行家徐霞客(1586-1641)在崇祯十一年至十二年间游历云南丽江时，应木土府之请撰修了《鸡足山寺》，印证了这段历史。他在《诸寺原始》一节中记述“放光寺”说：“放光寺，嘉靖间古德无穷禅师，河南人，创建。护法檀越李中谿先生。无穷后嗣有归空禅师，建藏经阁。阁成而神宗赐藏。”无穷周义晚年回归少林寺，恰遇小山宗书新任住持（1558年），屡蒙授记，乃请为首座。若干年后，他退归林野，刀耕火种。八十岁时去世，做了四十年和尚。无穷禅师的小传及肖像刊于石，今存少林寺西塔院内。