明武宗正德皇帝，十五岁登基，三十一岁死去，在位十六年，是一介昏君。他喜好喇嘛教，常服其服而颂其经，演法于内厂。又设“豹房”，引入蕃僧，教他修“密法”。他还自称“大庆法王、西天觉道圆明自在大定慧佛”，派宦官刘允去西藏寻找“能知三生”的“活佛”。朝政则一片混乱。宦官专权，刘瑾辈肆虐，天下动荡。这期间，任少林寺住持的有月舟文载等人。文载(1454-1522)，号月舟。父亲王才，本是山后广宁（今辽宁省义县）人，因护从燕王征讨有功，升任通州亲军指挥使，赠武德将军，做了千户长（正五品），成为通州人。文载生于景泰甲戊年（1454年），丙戌（1466年）八北京万安寺，礼白庵空公薙染。成化癸己（1473年），受具足戒于杭州。依传承而言，文载是明初大天界寺住持、总领全国释教的觉源慧昙禅师(1304-1371)的法裔。慧昙为从二品的大僧官，曾率二十余人出使西域，病死于僧伽罗国（今斯里兰卡）。文载从杭州回到北京后，周历讲肆。但他讨厌名相之繁芜，慕禅宗之直指顿悟，便来到少林寺，参扣无方可从长老，三年伏腊，始蒙印可。此后回京，栖身于白塔寺，阅读《大藏经》，兼修净业，近二十年之久，足不越阃，潜心专志，但声名已播于四方。正德五年（1510年），步林寺执事恳请文载出山，再三再四，文载才到礼部领取“剳子”，就任少林寺住持。他到寺以后，推行《禅苑清规》，整顿丛林懿范，接纳方来，孜孜不倦，寺风为之一变。此间，他曾为密县法海寺住持宝藏重修废寺落成，写了庆贺文章，时为正德十二年。此文刻石，今存于密县文化馆内。月舟逝于嘉靖元年初，终年六十九岁。正德年间，有一位大干可观和尚(1443-1521)，一直担任少林寺初祖庵庵主。可观是巩县苏村里人，俗姓杨氏，十五岁（1457年）八少林寺，拜南舟圆禺(?-1506)为师。他到初祖庵后，刀耕火种，以充衣食；晨香夕灯，梵呗喧轰，苦读《金刚经》，课颂不辍。晚年双目失明，还常常对弟子们讲解《金刚经》大义，很受人尊重。这期间，龄峰圆寿(?-1462)的弟子德心可政(1428-1506)为少林寺都提举。可政后来也是日课《金刚经》、《般若经》度过晚年的。正德初年，有西藏（或河西）喇嘛，在少林寺右侧（西侧）的“甘露台”上，兴建了“藏经殿”，用以贮存朝廷颁赐的《大藏经》（大概是“明北本”《大藏经》，1440年刊布）。在藏经殿的左右，又修建了阅经室和修禅室。四周松筠环翠，老桧参天，环境十分幽静。大约在正德十四年（1519年），权势显赫的司礼监（明代太监主管的“十二监”之一）太监张永向少林寺施送金铜菩提达摩坐像一尊，也被安放在甘露台上。后在嘉靖十年（1531年），寺僧悟辗、周莲等人在住持可贤的支持下，又为这尊达摩像配置了“祖龛”。张永(1465-1528)是刘瑾的党羽。由于参加镇压安化王朱真鐇在宁夏的反叛而立功，又因密奏刘瑾大逆（1510年刘瑾被凌迟处死），恃功骄傲。但后来因手下的库官偷盗库银的事件披露，一度被削官，”闲居九年”。这期间他一心念佛，祈求保佑。九年后（1519年），他官运再兴，做了司礼监太监。他觉得是菩提达摩暗中佑护，自己“闲居九年”仿佛是“面壁九年”，所以施送了那尊达摩像。这尊金铜达摩坐像今存于寺内立雪亭中。