民国期间，少林寺继续走向没落，其原因主要是战乱。正如1932年牛梦玉在《重修初祖庵大殿碑记》中所称：“连年荒乱流离，时局不定。”民国初，地处豫西山区的少林寺匪患相当严重，竟把当地“洗劫净尽，至无鸡犬。”在这种情况下，少林寺把主要精力都用于剿匪，使少林寺沉寂了300年的少林僧兵，在这个时候又重新树起了大旗。1920年少林寺住持、著名武僧恒林被推为少林寺保卫团团总，在少林地区同土匪进行了大小数十次战斗。之后，其徒少林寺住持妙兴率少林僧兵，亦参与平匪战争和胡阚战争。1928年，冯玉祥部国民军北伐，建国豫军樊钟秀以少林寺为司令部，攻其后方，占领偃师、巩县，围攻登封。冯部师长石友三从前方回援，击败樊军。农历三月十五日，石友三率军攻入少林寺，因不满寺僧暗地助樊，一把火将少林寺法堂、天王殿、大雄宝殿、紧那罗殿、六祖殿、钟鼓楼、东西禅房、库房、香积厨等18座建筑及二代秦槐、汉柏、魏碑、典籍等化为灰烬，这是少林寺历史上继隋末大火之后被烧得最为惨重的一次，少林精华尽遭浩劫。被焚后，少林寺到处是残垣断壁，僧徒四处星散，元气大伤，少林寺走人历史上的低谷。1944年，嵩山又为日寇所占，少林又临战火，迫使部分少林僧徒走．上了抗日的道路。少林寺在民国时的破落景象，从诸多记载中可以看出来。1920年，蒋叔南游少林寺，在其游记中写道：“内为天王殿，殿倾，尚存其门。门口四天王，抱剥肤之痛焉。”再查日本人关野贞在少林寺被焚前拍的鼓楼照片，楼上飞檐凋落，前面杂物塞门。在民国时，少林僧人数鞋大为下降。1932年牛梦玉碑所记的少林寺僧也只有30多位。虽然民国时总的少林僧人要多于这个数，但比起元、明之时，甚至清朝都有大幅度的下降。总之，民国时期，特别是1928年少林寺被焚之后，少林寺衰败到了历史上的最低点。