元朝末年，嵩山各佛寺，为维护其既得特权，联合起来，以少林寺护法菩萨紧那罗王名义，在元朝帝室的支持下，公开出面组织寺僧，镇压农民红巾军起义。后来农民起义军取得胜利，推翻元朝统治，建立大明王朝，使得嵩山佛教处于十分不利地位。但是嵩山佛教不仅没有受到影响，反而保持明王朝统治时期长达260多年的稳定盛期。究其政治根源，一是，明太祖朱元璋早年曾为僧侣，有感于佛；二是嵩山有一批高僧能够“应天（改变政治立场，服从于明朝统治者）顺民（尽量不与农民争利）”。他们是明初的斯道道衍、雪轩道成，中后期的小山宗书、幻休常润、无言正道等。特别是斯道道衍，参与策划“靖难之役”，推动、协助明成祖朱棣成为永乐皇帝，为嵩山佛教赢得在明朝267年的稳定盛期奠定了基础。斯道道衍，至正九年（1349年）出家为僧，后到嵩山法王寺参学临济禅法。跟嵩山名道席应真学得阴阳五行术数之学。又结交著名术士袁珙，得到《周易》演算之术，成为佛道兼融的高僧。洪武年间，在南京应僧试毕回归嵩山，途经北固山，遇高僧季潭宗泐留宿。道衍赋诗言志。宗泐惊奇地说：“这哪能是佛门释子之言？异日定佐王为相。”不久，明太祖朱元璋选拔高僧为诸王子师。时已任僧录司左善世的季潭宗泐，荐道衍给朝廷。从而道衍成为宗泐高足门生。道衍在南京等待分配时，留心考察，得知燕王朱棣文武双全，以为洪武以后继承皇位者，必是此人。于是便密诣燕王，称：“大王若得我侍，我奉献白冠一顶。”燕王不解其意，问其故。道衍笑而不答，遂以食指画地，先书一白字，又在白字下面书一王字，白王二字相加成“皇”字。朱棣一见大喜，遂求太祖以道衍为师。道衍又把著名术士袁珙荐给燕王。后来，道衍和袁珙在靖难之师中，出谋划策，为燕王夺得帝位立了大功。洪武三十一年（1398年），明太祖朱元璋驾崩。皇孙朱允炆继承皇位，年号建文。朱允炆虽得帝位，但深感诸王（叔）是对他的极大威协，于是采纳齐泰、黄子澄建议，逐渐削夺诸王权力，先后有周、湘、代、岷四家藩王被诛。道衍竭力策动燕王起兵的时候，北平城黄风四起，刮的王宫檐瓦坠地。燕王以为是不祥之兆，动摇了决心。道衍和袁珙进言：“飞龙在天，从以风雨，瓦坠者，易（移）黄（皇）也。”进一步坚定了燕王的决心，遂以“诛齐泰、黄子澄”之名，号称“靖难之师”，亲自率军南伐，而道衍始终辅佐世子留守北平，以固其本。当年十月，李景隆承隙围攻北平，道衍防守甚固，击败了来犯者。燕王攻济南三个月不下。道衍建议：“师老班师。”燕王进攻东昌，失大将张玉，朱棣意待休整以后再进军，道衍建议：“应天（南京）空虚，疾趋京师。”燕王采纳道衍意见，遂绕道进军，很快攻入南京。建文帝下落不明。燕王朱棣随即帝位，年号永乐，迁都北京。永乐元年（1403年），永乐皇帝论功行赏，道衍功为第一。授“僧录司左善世”。永乐二年（1404年）再授道衍为“资善大夫，太子少师，”并复其俗姓姚，名广孝。自此以后，永乐帝对僧道衍尊称“少师”而不呼其名。永乐十六年（1418年）僧道衍圆寂。永乐帝以“僧司治丧，僧礼葬之”。封“推诚协力文臣，特进荣禄大夫，上柱国，荣国公”。谥“恭靖”。葬房山县，永乐帝亲制神道碑志其功。僧道衍自己在嵩山没有留下遗迹遗物，但其师弟、日本国禅僧德始，为已故少林寺淳拙禅师书写的《嵩山祖庭少林禅寺淳拙禅师才公塔铭》，成了600年以后中日两国佛教友好交往的历史物证。七、四代宗师主持少林寺明朝中期，内政腐败，经济衰颓，外患严重，社会动荡，然而嵩山佛教却仍然保持着隆盛局面。这是因为嵩山佛教的主流，曹洞正宗四代大宗师住持少林寺，而且他们又都“以武参政，强兵护国”，从而得到明王朝的支持。这种局面一直保持到明朝灭亡。明世宗嘉靖皇帝和他的继承者们，从发生的一系列农民起义和云（南）贵（州）、晋（山西）、陕（西）边防危机，东南沿海倭寇猖獗中，看到少林寺僧兵在戍边、抗倭、保安方面的现实作用，深感以少林寺为代表的嵩山佛教，对巩固其封建统治政权十分有用。因此，对嵩山佛教更加重视，尤其是对少林寺住持和尚的人选和任用愈加慎重。嘉靖三十二年（1553年），倭寇大举进犯我国东南沿海一带，朝廷征调少林寺僧兵参加平倭战争。少林寺武僧月空带领30多个武艺高强的僧兵，自为部伍，开赴松江，手持铁棒，击杀倭寇甚众，最后“皆战死沙场”。时隔四年之后，嘉靖皇帝钦依释儒兼备的小山宗书为少林寺曹洞正宗第24代方丈。小山宗书大宗师，俗姓李，明正德十年（1515年）到本郡开元寺出家，礼法堂钿和尚为师，法名宗书，字大章，自号小山。十二年（1517年），他“闭关太行，三越寒暑，手书《华严经》，不食五味”。十五年（1520年），“闻少林虚白老师传授达摩心宗，志切参学，遂梦游其境，……乃依法席入室。请益切勤八载，得洞上宗风，蒙赐印可”。嘉靖九年（1530年），回本郡开元寺，省侍本师钿和尚三年，至师圆寂。十二年（1533年），到明都北京受具足戒，并静居兴德寺三年，期间，曾到天庆寺开承佛录，又到五台山推广禅宗。期满回京，“应中贵官李元善之请，去积善庵批阅藏典四年”。嘉靖三十三年（1554年），静居京都宗镜庵。三十七年（1558年），“领礼部显（衔），……住持少林寺”。三十八年（1559年），在少林寺“大开法席，四方学徒，众盈五百，升堂踞座，日无虚席。嗣其法者，不可胜计”。嫡传弟子是幻休常润和禀山常忠。四十五年（1566年）二月，回北京宗镜庵疗疾。隆庆元年（1567年）腊月十六日圆寂在北京宗镜庵，终年68岁，僧腊五十有八。灵骨一分为三，一留北京宗镜庵，一回南和开元寺，一归祖庭少林寺。分别起塔，树碑志实。碑文由明郑藩掌国事德庆王撰写，明世子朱载堉书丹。小山宗书住持嵩山少林寺十年，使“曹洞宗风复振，少林禅宗复新”，有“启后鼎新之功”。继小山宗书之后，住持嵩山少林寺的是“禅宗大宗伯幻休常润”。幻休常润大宗师，俗姓黄氏，江西进贤县人。幼年到伏牛山礼平公祝发，法名常润，字大千，自号幻休，后参少林宗师书公。得法后离开嵩山遍参诸方。明隆庆元年（1567年）小山书公圆寂以后，嵩山少林寺方丈空位七年。万历六年（1578年），神宗朱诩钧钦命幻休常润为嵩山少林寺第25代方丈，任期13年，期间于万历七年（1579年）被召住北京直接参政六年。万历十三年（1585年），圆寂在明都北京，灵骨回归嵩山，在少林寺西起塔，由明通义大夫兵部左司郎汪道昆撰写《少林寺总持宗门润禅师塔记》碑，纪其行实。常润大宗师弘扬佛法一生，法子数以千计，其中以无言正道和大觉方念为上足。方念再传圆澄于绍兴云门山，元澄（1516—1626年），号湛然，浙江绍兴市人，幼年出家，后专事参学。明万历十九年（1591年），大觉方念在绍兴云门山传持嵩山曹洞禅法，圆澄往参，遂得印可、付以大法。后来也在这里聚徒说法，形成云门支系。幻休润公圆寂后，嵩山少林寺方丈空位九年。明万历二十年（1592年），钦依无言正道为嵩山少林寺第26代方丈。无言正道大宗师，洪都新建人，俗姓胡氏，父永泰，母杨氏，幼年到上兰寺出家，拜磷和尚为师，法名正道，字无言，自号雪居。20岁开始“遍参诸方，受戒于无尽。”后得法于嵩山少林寺润公。润公升座，正道问法：“如何是洞上家风？”润公答：“月下三花树，峰前双桂枝。”又问：“和尚还有别吗？”回答：“唯此一事实。”道公大悟，即呈偈曰：“云攒峰顶，月锁幽岩，木人抚掌，石女舒颜。”遂得印可、会以大法。无言正道大宗师住持嵩山少林寺17年，“岁行冰结，机辩泉流。或升堂普说，或入室小参，莫不摧被凝城，登之觉岸，明镜屡照而不痞，洪钟待叩而辄应。典型卓尔，清规肃然，作宾王家，名动京阙”。万历三十七年（1609年），无言正道圆寂，在寺南建衣冠塔，寺西起“安乐处”塔。寺院内由赐进士出身中宪大夫、钦差湖广提督学校按察司副使，前翰林院国史编修兼理浩敕起居章奏，东京讲术华亭董其昌撰书《敕赐嵩山少林寺传法住持曹洞正宗第26代嗣祖沙门无言道公雪居禅师行实碑》。无言正道法嗣众多，上足有慧喜、慧通和慧如三人。无言正道之后，嵩山少林寺方丈空位16年。明天启四年（1624年），明熹宗朱由校钦依寒灰慧喜为嵩山少林寺第27代住持。寒灰慧喜大宗师，俗姓刘，河北省满城县人，生于明嘉靖四十三年（1564年），隆庆元年（1567年）落发披缁于鲁齐，礼升公和尚为师，朝夕勤参法雨。万历三十九年（1611年）谒嵩山少林寺无言道公。天启四年（1624年），“奉命入院”为嵩山少林寺第27代住持，直到明思宗崇祯十二年（1639年）圆寂在嵩山少林寺方丈任上，历时28年。寒灰慧喜住持嵩山少林寺期间，农民起义所向披靡，明王朝已是危机四伏，处于风雨飘摇之中，他仍如其先师们一样，继续“强兵（僧）护国（明）”，不遗余力。天启五年（1625年），即寒灰慧喜升丈的第二年，积极邀请并陪同河南巡抚程绍到嵩山检阅僧兵队伍。程绍诗兴大发，作《嵩山观武》诗一首：“暂憩招提试武僧，金国铁棒枝层层。刚强胜有降魔力，习惯轻携搏虎能。定乱策勋真正果，保邦靖世即传灯。天中缓急无劳虑，忠义毗卢演大乘。”明崇祯元年（1628年），农民起义军突破明军包围，连破河南省卢氏、宜阳等县城，势如破竹。崇祯皇帝和各地藩王、官吏豪绅们都惊惶不安，他们为了保命护家，纷纷组建地方武装，请嵩山少林寺武僧充当教师。陕州知州史纪言“出私财，募士卒，聘少室武僧训练之”。崇祯八年（1635年）十月，农民起义军夜袭陕州城，当晚史纪言的军队奉命调往外地，城内只有少数官属和少林武僧。城破史纪言由两名少林武僧护持妄图逃走，被义军抓获斩首。明崇祯年间（1628—1644年），嵩山南北连年大旱，灾荒严重，“人相食，父子相食”惨状目不忍睹。加之官府加派“剿饷”，官逼民反。登封李际遇、申靖邦率饥民揭竿而起，而嵩山各佛寺则公开伙同官府镇压农民起义军。崇祯十三年（1640年），农民起义军攻陷登封县城，杀知县鄢延诲，明登封政权彻底倒台。因为寒灰慧喜“护国强兵”有功，在他生前，就有明赐进士及第、江西监察御史、西京焦源溥和钦赐总督陕西三边军务、兼理粮饷兵部侍郎王少采，撰书《少林寺二十七代钦依传法住持寒灰慧喜禅师碑》立于少林寺中。