在明朝政权建立以后，西藏喇嘛教的势力在汉族地区就不如元朝那样流行了，从此便开始了纯宗教式的渗入。与此同时，明朝皇室对于西藏喇嘛仍然给予宗教上的优厚待遇。明洪武六年（公元1373年），前任元朝的帝师喃迦巴藏卜入京朝见明太祖朱元璋，朱元璋立即给予他炽盛佛宝国师的称号。从此以后，明朝的皇帝都很崇信西藏的喇嘛，特别是明成祖朱棣，还曾经给予西藏喇嘛教格鲁派的领袖宗喀巴以大慈法王的称号。清朝皇室与西藏喇嘛教关系更为深远，早在公元十七世纪初期，喇嘛教就传到了山海关以外的满洲地区，受到了清太祖努尔哈赤的礼遇。清顺治九年（公元1652年），五世达赖喇嘛被请到了北京，接受了清朝顺治皇帝的册封。雍正六年（公元1728年），清政府设立了驻藏大臣，负责管理西藏的政务。乾隆五十八年（公元1793年）又确定了西藏地区的政教合一制度，所有西藏地区的寺庙和喇嘛都要受清朝理蕃院的管理。由于明清两代政府和藏传佛教的密切关系，为首都北京造就了一大批精美的藏传佛教艺术，藏式佛塔就是其中最为突出的一项。

北京真觉寺的金刚宝座塔，是明朝成化九年（公元1474年）完成的，当时的造塔碑文上说：塔是用石块砌筑的，基座有数丈高，上面供奉着五位佛祖，分为五塔，它的尺寸与规矩和中印度的金刚宝座完全一致。事实情况大体也是这样的，真觉寺的这座金刚宝座塔是用砖和汉白玉砌筑而成，下部是高7.7米的方形宝座，座上建造了五座方形平面的十一层密檐式宝塔，中间一塔较高一些，四隅各有一塔，五塔的顶部都有小型的覆钵式塔作为塔刹，总高度为17米。从宝座上五塔的整体造型来看，确实和印度佛陀伽耶的金刚宝座式塔有些相似，但其中也包含着相当的中国传统建作风，如：五塔的各层密檐上都做成了瓦垅的形式，在塔身的表面雕刻有斗拱、柱子、椽飞等仿木构件等等。所以，它应该是参考了一些古印度金刚宝座塔的样式，在明朝北京城的一次再创作。塔上供奉的五位佛祖，如前所述，指的是佛教密宗尊崇的五方佛祖。值得注意的是这座塔身表面的浮雕形像，特别是宝座表面的五层坐佛像龛，带有浓厚的藏式佛像风格。所以，这座金刚宝座塔在北京的建造，应该和藏传佛教在明朝京城的继续流行有着密切的关系。 中国现存的大型金刚宝座式塔实物，绝大多数是在明朝及其以后修建的，真觉寺的金刚宝座塔，从年代之早、雕刻之精美等方面而言，都不愧为这类塔中的代表作。内蒙古呼和浩特慈灯寺的金刚宝座舍利塔高14米，形制和真觉寺塔和相似，宝座上面中间一塔为七层密檐式，其他四塔是五层密檐式，很可能是模仿真觉寺塔样式的结果。另外，在北京以外的其他地区，还有用覆钵式塔组合成为金刚宝座式的，如：湖北襄阳广德寺的金刚宝座多宝塔，建造于明朝弘治七年（公元1494年），通高在17米左右，它的下面是一个平面八角形的台座，座上建立了五座佛塔，中央一座是覆钵式塔，较为高大，位于四隅的小塔是平面呈六边形的汉式三层密檐实心塔，是独具特色的塔例；四川峨眉山万年寺的砖殿是明代修建的，它的顶部中央立着一座覆钵式喇嘛塔，在四角的地方还各有一座较小的同类宝塔，实际上也是属于金刚宝座塔的形式；云南昆明官渡街上的金刚宝座塔，建于明朝天顺二年（公元1458年），塔下是一个方形台座，内部开出了十字形的通道，可以供人通行，台座上部中央立着一座覆钵式塔，四角各有一座小型的覆钵式塔，因此它还具备了过街塔的功能；甘肃张掖县城内的金刚宝座塔也是明代的建筑，在一座高大的覆钵式喇嘛塔的下部修建了两层台座，两层台座的四角都建了一座体量很小的喇嘛塔，这是中国其他金刚宝座塔所没有的现象。

说起明朝的覆钵式塔，山西五台山塔院寺的舍利塔也是很有名的一座。这座塔建于明朝万历年间（公元1573－1620年），总高度在50米左右，无论在体量还是造型方面都和北京妙应寺塔十分相近，所不同的是，在覆钵丘的下面已经可以明显地看出内收现象，十三重相轮的上下比例也不像元朝时期那样反差强烈了。广西桂林万寿寺的舍利塔建于明朝洪武十八年（公元1358年），塔身下部的台基平面为八角形，下部还有一个四方形的台座，覆钵形塔身下部也有明显的内收，它的总高度是12.83米。五台山显通寺明朝万历年间铸造的铜塔，通高约有8米，它是由覆钵丘和十三层密檐塔组合而成的，它的塔刹又是一座小型的亭阁式塔。还有一件同时代的同类型作品，它是位于峨眉山保国寺的华严铜塔，通高有7米，它是由覆钵丘和两层七级密檐式塔相叠而成的。明朝的覆钵式塔表现出了由元到清的过渡形式，而组合式塔又能使我们看到汉、藏佛塔艺术的合而为一，这是不同流派的佛教艺术融合发展的必然结果。

在清朝修建的金刚宝座式佛塔之中，位于北京香山东麓的碧云寺塔是最有名的，它建于清乾隆十三年（公元1748年）。这座金刚宝座式佛塔通高有34.7米，是中国现存金刚宝座式塔中最高的一座，它的造型继承了明朝真觉寺的金刚宝座式塔而有所发展，在高大的台座分立着五座十三层密檐式塔，形制与真觉寺的十分相近，在它们的前面还有一座由覆钵式塔组合成的金刚宝座式塔，该塔的四角处还各建了一座覆钵式塔，这种五塔互相组合、环套的形式在中国古塔中仅此一例。碧云寺塔的金刚宝座是用汉白玉石砌筑而成的，塔身上刻满了佛与菩萨、天王等形像，都是难得的石刻艺术佳作。

清代北京城中最著名的喇嘛塔，是北海琼岛之巅的永安寺白塔，它建于清顺治八年（公元1651年），有35.9米高。远看这座宝塔，它就像一个白色的宝瓶，在湖水与绿树的映衬下显得十分华美壮观。如果与元代的妙应寺白塔相比，它已经完全没有了那种粗犷与雄壮之美，而是透露出了一种清秀与典雅的风韵。北海白塔的塔下台基平面虽然还是属于“亚”字形的，但已基本趋向于方形，而且只是一层的束腰叠涩高座；塔身的覆钵丘下部内收极为明显，覆钵丘的下部是三层叠涩的圆台，完全不像妙应寺白塔那种莲座装饰；在覆钵丘的正面设置了眼光门，里面供奉着梵文的“十相自在”，这在元、明时代是很少见到的；北海白塔的塔刹是由十三重相轮、天盘、地盘、仰月、圆光、火焰宝珠自下而上相叠组成的，十三重相轮已变成了瘦高的向上收分很小的圆锥体，。这些作法与风格上的变化，就为当时的佛教艺术界制定了清朝喇嘛塔的基本样式，当然，这种样式应该是首先在藏区形成的，然后才可能出现在清王朝开国之初的北京城中。

与北京北海白塔相类似的清式喇嘛塔，我们还能在北京以及全国其他地区见到。如：北京石景山法海寺原来有一座横跨于寺前通衢之上的过街塔，是在清顺治十七年（公元1660年）建成的，它的下面是一个带有圆拱形门洞的石砌方台，台上的喇嘛塔与北海白塔十分相似而更显得细高，这座塔现已不存在了；呼和浩特的席力图召内有一座建于清朝康熙年间（公元1662－1722年）的喇嘛塔，全部用汉白玉砌成，总高在15米左右。它的塔下台基是一个方形平面的束腰须弥座，在座的四角还各立着一根圆雕的龙柱，座上有四层叠涩方台，再上就是覆钵丘、塔刹，塔身的表面布满雕刻，并且用色彩勾勒出了各种图案，它是喇嘛塔中既高大又精美的作品之一；在扬州瘦西湖的莲性寺内，有一座清朝乾隆年间（公元1736－1795年）修建的喇嘛塔，它的形制与北海白塔很相似，但在总体风格上却另有一种柔合之美；甘肃夏河县拉卜楞寺是黄教的六大寺院之一，在寺院中有一座埋藏舍利的喇嘛塔，经常受到喇嘛们的环绕礼拜。它也是一座典型的清式喇嘛塔，下方基座是方形的束腰须弥座式，在束腰间每面都有四根立柱，基座之上是平面呈八角形的五层叠涩台，承托着覆钵形塔身；在这些清式喇嘛塔的身上，我们可以看到来自藏地的建塔思想是如何在首都北京确立，又是如何在全国其他地区推广并产生局部变异的。